而九卿便是：司空、司寇、司农、司商、司工、司祭、司教、司医和司礼。

司空掌工程建设，由治水时的石匠首领担任，负责修建水渠、城墙与道路，阳城的王宫与官署均由其主持建造。

司寇掌律法与治安，由东夷文字图腾战士文羽后代担任，熟悉各族习俗。上任后制定《夏朝律法》，设立“刑狱”，负责审理案件，禁止部落私斗。

司农掌粮食储备与分配，由中部农官后代担任，负责管理各州粮仓，丰年收粮、灾年放粮，确保九州粮食供需平衡。

其余九卿司商、司工、司祭、司教、司医和司礼，皆从治水功臣、部落贤才中选拔，不问出身。

东夷渔民因熟悉水路，被任命为司商府的“水运官”；南方陶工因技艺精湛，被任命为司工府的“工坊监”。

为确保官员称职，玄都还建议大禹推行“三年考绩制”。考核内容分：“民生”，所辖区域粮食增产与否、百姓投诉多少；“治安”，部落纠纷数量、凶兽袭扰次数；“政令执行”，上级政令是否按时落实。

考核优秀者升爵加薪，不合格者降职或罢免。西戎农官石禾初任“雍州农监”时，因不熟悉地脉耕种法，辖区粮食减产，考绩不合格，被降为“乡农官”。他羞愧不已，主动向禾伯学习，三年后辖区粮食增产三成，重新升为“州农监”。石禾感叹：“以前靠部落世袭当官，如今靠本事吃饭，这才是真正的公平！”

为强化中央对地方的管控，玄都又协助大禹将九州细划分为“州-县-乡”三级行政单位，取代部落自治。

州：九州各设“州牧”，由中央任命，对司徒府负责，掌管一州的农耕、治安与政令传达，州府设在该州核心地带。如兖州州府设在琅琊山旁，便于管理铜矿与海滨农耕。

县：每州下辖若干县，设“县令”，由州牧推荐，中央任命，负责管理县域内的乡级事务。县府设“粮站”与“驿站”，粮站储存县域粮食，驿站传递政令与消息。

乡：每县下辖若干乡，设“乡正”，由百姓推举，县令任命，负责调解邻里纠纷、组织农耕互助、传达县府政令。乡内还设“乡学”，教孩童识字与基础礼仪与“互助社”，组织青壮年帮老弱耕种。

为确保政令畅通，玄都还在各州设“传讯驿站”，驿站配备“快马”与“传讯符”（玄都所制，可快速传递简短政令），州牧的奏报与中央的政令，可在三日内传遍九州。

北方冀州牧风启曾因草原凶兽袭扰，向中央求援，司马府接到传讯符后，三日内便派夏军支援，及时驱散凶兽。风启感慨：“以前部落遇袭，只能靠自己抵抗，如今有了中央支援，再也不用怕凶兽了！”

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在部落时代，纠纷多靠“部落首领主观调解”，缺乏统一标准，常因“各执一词”引发冲突。